Asosiasi Antropologi Indonesia memiliki 4 wilayah kerja di seluruh Indonesia. Wilayah 1 terdiri atas Pulau Sumatra dan pulau-pulau lain di sekitarnya. Perhatian utama antropologi di wilayah ini adalah permasalahan ekologi yang berhubungan dengan perkebunan, pertambangan serta suku pedalaman yang sepenuhnya hidup bergantung pada hasil hutan dan tanahnya. Daerah Aceh, Sumatra Utara, dan Sumatra Barat menjadi pusat kajian antropologi di wilayah ini. Wilayah 2 meliputi seluruh bagian Pulau Kalimantan yang berada di dalam kekuasan Negara Indonesia, keseluruhan Pulau Sulawesi, serta pulau-pulau kecil di antara keduanya. Perhatian utama di wilayah ini adalah budaya maritim. Daerah Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, Sulawesi Tenggara dan Sulawesi Selatan menjadi pusat kajian antropologi di wilayah ini. Wilayah 3 meliputi Kepulauan Maluku, Papua Barat dan Papua beserta pulau-pulau kecil di sekelilingnya. Perhatian utama dalam kajian antropologi pada wilayah ini adalah persebaran kelompok suku. Pusat kajian di wilayah ini bisa ditemukan di Maluku Utara, Papua Barat dan Papua. Wilayah 4 meliputi Pulau Jawa, Pulau Bali, Kepulauan Nusa Tenggara, beserta pulau-pulau kecil di sekelilingnya. Perhatian utama kajian Asosiasi Antropologi Indonesia di wilayah ini adalah pada budaya pemerintahan yang berhubungan dengan pembuatan kebijakan dan pelaksanaannya pada budaya yang sedang berkembang. Kajian antropologi utamanya dilakukan di daerah Jawa Barat, Jawa Tengah, Daerah Khusus Ibukota Jakarta, Yogyakarta, Jawa Timur dan Bali.